Наукова діяльність Колупаєвої А.А. пов’язана  з розробленням концептуальних засад та теоретико-методологічного  обгрунтування   інклюзивної освіти, шляхів  його впровадження  в Україні.

Багаторічний досвід педагогічно-викладацької діяльності, який вона здобула, працюючи у навчальних закладах та ВНЗ, використовувався нею при розробці Державних  стандартів для дітей з  особливими освітніми потребами, критеріїв оцінювання навчальних досягнень та програмно - методичного забезпечення їхнього навчання.

Алла Анатоліївна є автором першого в Україні узагальненого теоретико - експериментального дослідження з інклюзивної освіти. Під її керівництвом  започатковано новий надзвичайно актуальний  напрям в українській педагогіці - педагогіку  інклюзивного навчання. Вона отримала кілька важливих дослідницьких грантів, зокрема Університету Альберти та Університету Грента МкЮена (Канада); має свою наукову школу, за її керівництва захищаються дисертаційні дослідження з актуальних проблем навчання осіб з особливими потребами.

Колупаєва Алла Анатоліївна була одним із керівників Міжнародного міжінституаційного проекту CIDA, який було спрямовано на реформування системи спеціальної освіти в Україні і впровадження інклюзивного навчання дітей з особливими потребами; є експертом дослідницьких проектів, які проводяться в Україні. Результати її наукової діяльності неодноразово було представлено на міжнародних конференціях в США, Канаді, Голландії, Естонії, Росії, Таджикистані, Узбекистані, Білорусі та ін..

Колупаєва А.А.  є засновником та головним  редактором програмно та навчально-методичного забезпечення серії  «Інклюзивна освіта», головним редактором   наукового збірника « Логопедичний вісник», науковим редактором журналу « Дефектологія. Особлива дитина: навчання і виховання» та ін.. Автор понад 140 наукових праць, серед яких монографії, підручники, програми, науково - та навчально - методичні посібники.

Публікації